Theo bản văn khoa cúng chính thức, Mẫu Cửu Trùng Thiên là Mẫu Đệ Nhất Thiên Tiên trong Đạo Mẫu Tứ Phủ. Hiện vật bia đá có ghi lại rằng ngôi đền Mẫu Cửu Trùng Thiên tại thôn Bằng Sở, huyện Thường Tín, Hà Nội được xây dựng trước thế kỷ 15. Điều đó minh chứng tín ngưỡng thờ Mẫu Cửu Trùng Thiên đã có trước tín ngưỡng thờ Mẫu Liễu Hạnh (tức Mẫu Đệ Nhị Địa Tiên trong Đạo Mẫu Tứ Phủ).
Hiện nay, tôn tượng Mẫu Cửu Trùng Thiên được thờ ở ban giữa trong cung thờ chính của đền. Hai bên là Mẫu Thượng Ngàn và Mẫu Thoải. Theo dân gian, từ xa xưa, trước khi Thánh Mẫu Liễu Hạnh hạ phàm, ông cha ta đã thờ như thế. Sau này khi Mẫu Liễu Hạnh giáng trần và trở thành vị thần nữ cai quản Địa Phủ, Mẫu Cửu Trùng Thiên đã ủy quyền cho Mẫu Liễu đại diện cho cả Thiên Phủ ở nơi trần thế. Vì vậy nên trong đa số các đền về sau, tôn tượng Mẫu Liễu Hạnh sẽ thay vị trí của Mẫu Cửu Trùng Thiên. Về phần Mẫu Cửu Trùng Thiên, vì Ngài ngự nơi cung trời cao xa vời vợi, hiếm khi hạ phàm nên các đền thờ Ngài ở lư hương lớn ngoài trời.
Đền Mẫu Cửu Trùng trước đây đã là một ngôi đền cổ kính, khang trang. Năm 2004, ngôi đền bị hỏa hoạn. Hầu hết kiến trúc của ngôi đền bị hư hại. Ngôi đền hiện nay là ngôi đền được phục trang và tu bổ hoành tráng hơn so với đền cũ. Với kiến trúc bao gồm năm cung: Tiền cung, Trung cung, Thượng cung, Hậu cung và Cấm cung, trong đó:
- Tiền cung thờ ban Công Đồng Tứ Phủ Vạn linh.
- Trung cung gồm có ban Tam Giới nằm chính giữa, bên trái là ban Trần Triều, bên phải là Cung Sơn Trang.
- Thượng cung: chính giữa là ban Công Chúa Bản Đền với tả hữu thị vệ. Tại cung này còn phối thờ thêm tượng Cô Cả Thượng Thiên và Cô Bơ Thoải Cung. Bên phải là ban thờ tượng Ông Hoàng Cả Thượng Thiên, Ông Hoàng Bơ Thoải Phủ; bên trái thờ tượng Ông Hoàng Bảy Bảo Hà, Ông Hoàng Mười Nghệ An.
- Hậu cung: chỉ có một cung thờ chính là Tứ Phủ Thánh Chầu Khâm Sai.
- Cấm cung: gồm có 3 tượng thờ. Chính giữa là thờ tượng Mẫu Cửu Trùng Thiên, hai bên thờ Mẫu Thượng Ngàn và Mẫu Thoải.
Ở đền còn lưu lại đôi câu đối tôn vinh Mẫu Cửu Trùng Thiên như sau:
【四府靈聲護國保民天下母】
【九重陟降騰雲駕霧地中仙】
• Phiên âm:
“Tứ Phủ linh thanh, hộ quốc bảo dân thiên hạ mẫu
Cửu Trùng trắc giáng, đằng vân giá vụ địa trung tiên.”
• Dịch nghĩa:
“Tiếng linh Tứ Phủ, cứu dân giúp nước, người mẹ của thiên hạ
Lên xuống Cửu Trùng, cưỡi mây lướt sương, bậc tiên trong cõi đời.”
